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单细胞small RNA-seq

Small RNA是一类重要的体内调节分子，包括microRNA, snoRNA和piRNA等多种类型(详细见图表)。它们主要功能是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，调节细胞生长、分化，以及个体发育、生殖等重要生物学过程。但是，当前市面上通用的商品化试剂盒（例如凯杰和热电）对RNA起始量的要求在10-50ng左右，对于<10ng来源的微量样本和单细胞来源的small RNA都难于完成NGS建库。加之small RNA长度和生化性质，正常建库过程大量接头自连副产物导致测序出产率<20%，根本检测不到表达丰度低的small RNA，一直以来，这都是微量(<10 ng)和单细胞small RNA测序的瓶颈。近期，中科院吴立刚教授实验室成功研发了单细胞small RNA-seq的技术CAS-seq (Nature Commun, 2019)，突破了这一技术瓶颈。我公司获得许可使用该技术提供服务。

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~30个自然日，10M clean reads on NovaSeq 6000 PE 150

送样要求：

样本类型	标准送样量
细胞样本	提取RNA: 细胞量≥1×10⁷，收集好的细胞离心后，PBS缓冲液洗两遍，立即加入1ml Trizol裂解。-80°C保存，干冰运输。
培养上清	提取RNA: 细胞量≥1×10⁶，总量≥ 20 ml，收集好的细胞离心后，PBS缓冲液洗两遍，立即加入1ml Trizol裂解。-80°C保存，干冰运输。
冰冻新鲜组织	提取RNA：新鲜组织≥10mg，立即切成<0.5cm的碎块，浸没在5倍体积的RNAlater中，4°C过夜。-80°C保存，干冰运输。
血液	Total RNA或small RNA提取： l 总量≥ 5ml。 l 采用PAXgen Blood RNA tube收集血液样本，混匀。 l -80°C保存，干冰运输。
血浆/血清	RNA或small RNA提取： l 抗凝管：柠檬酸钠管或EDTA管，不建议肝素抗凝管。 l 总量≥ 2.5ml。 l 加入TRIZOL LS裂解血浆/血清，与样本比例为3:1。-80°C保存，干冰运输。注意！RNAlater和TRIZOL不建议用来处理液体样本。

参考文献：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4974095/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5763889/pdf/TSWJ-2010-10-914190.pdf

服务代码：4base-scsmRNA-seq

订购指南：order@4basedx.com