RT-PCR方法灵敏度是最高的，《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第五版）》中，提出核酸检测的方法主要依赖RT-PCR确认是疑似病例否为阳性病例，但是在随后的实践中，暴露出该方法漏检率高等弊端，原因主要是：

1) 通常RT-PCR方法最多扩增3个目标区域，即SARS-CoV-2基因组的ORF1b，N端和编码核心壳的核酸序列，市面上获国家药品监督管理局批准的试剂盒都是检测1个目标区域的多；

2) 通常RT-PCR引物设计扩增SARS-CoV-2基因组目的区域都是保守序列，但是新冠病毒是RNA病毒，一旦发生突变和重组，RT-PCR引物难以有效扩增；

3) 症状典型者或者无症状携带者的新冠病人，其病毒载量都不稳定，即使RT-PCR方法得到的检测结果阳性，并不能排除细菌感染或者病毒共感染的情况；

4) 通过扩增N端spike gene，来检测病人外周血和尿液中的新冠病毒SARS-CoV-2，是不稳定可靠的。

NGS方法在新冠病毒SARS-CoV-2的检测和鉴定中发挥了不可替代的作用，相比广泛应用的RT-PCR法核酸检测技术，准确率和敏感性更高。所以，《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》，增加 “采用RT-PCR或/和NGS方法” 进行核酸检测，同时强调 “检测下呼吸道标本（痰或气道抽取物）更加准确。”